Al igual que Carcedo es uno de los catorce que formaban la Intendencia de Burgos durante el periodo comprendido entre 1785 y 1833, tal como se recoge en el Censo de Floridablanca de 1787. Tenía jurisdicción de abadengo, dependiente del Hospital del Rey, con alcalde pedáneo.
CARDEÑADIJO aparece con su nombre escrito (CARDENIA DE ATILIO) en pergamino del archivo del monasterio de Cárdena, del año 945. El día 1 de junio, el sacerdote don Munio dona una iglesia de su propiedad, entonces muy frecuente y normal, los cercanos monjes en Cárdena. La iglesia está bajo la advocación de San Pedro, en el pago que llaman Arroyo. Por cierto, que alguna parte de dicha iglesia no debía pertenecer a don Munio, pues cuatro meses más tarde (1 de octubre) leemos en otro pergamino que varios señores también ceden a Cárdena sus derechos en la mencionada iglesia.
Otros siete documentos hallamos en el Cartulario de Cárdena referidos a nuestra Villa durante los siglos X y XI. En el año 950, uno de marzo, vemos un nombre extraño incluido en el nombre de la población: Se la llama CARDEÑA DE PECENINI, sin que sepamos el porqué. Don Rapinato regala al monasterio de Cárdena la iglesia que posee bajo el título de San Pedro y de Santa Eugenia. Volvemos a leer el nombre de PECENINI en documento de junio de 950, y ya por última vez y añadido al de Atilio: el mismo Rapinato dona cuanto le pertenece como servidor de la iglesia parroquial de CARDEÑA DE ATILIO DE PECENINI. En ese mismo año el monje Falconio profesa en San Pedro de Cardeña y lleva como dote las tierras que posee en CARDEÑADIJO. Hay más donaciones al célebre monasterio, como la que realiza con una viña don Auriolfo (19 de febrero de 969) y la que hacen doña Argelo su hermano don Valero, ella abadesa y él sacerdote, consistente en la iglesia de San Cipriano con todos sus bienes y derechos.
Como puede apreciarse, CARDEÑADIJO tenía sus campos sembrados de iglesias, mejor ermitas, que personas particulares levantaban y ofrecían a la devoción pública, brindando servicios religiosos y aceptando limosnas. Vemos cómo el monasterio de San Pedro de Cardeña resultaba beneficiario final de estas iniciativas particulares. Su influencia en CARDEÑADIJO era manifiesta en lo espiritual y material. Pero, muy pronto, aparecerán otras dos fuerzas religiosas. La primera fue la abadía-infantazgo de Covarrubias, fundada por el conde García Fernández en 24 de noviembre del 978. A poco de este suceso, que tanta importancia tuvo en la historia del condado castellano, García Fernández, sin duda con pacto y compensación, substrajo de la obediencia y propiedad del monasterio de Cardeña y la traspasó a Covarrubias la importante iglesia de San Pedro de Arroyo de CARDEÑADIJO.
Las abadesas y luego abades de Covarrubias ejercieron su autoridad, que les fue respetada. Años adelante, en 1218, el papa Honorio III incluye entre los bienes del Infantado esa iglesia. Cuatro años más tarde, el obispo de Burgos y el abad de Covarrubias pactan sus respectivas jurisdicciones e incluyen la referida iglesia. El obispado de Burgos tampoco podía dejar de estar presente en CARDEÑADIJO, sobre todo desde la instalación de su sede en Burgos, año de 1074. Hay en la Catedral un documento de noviembre de 1159 en el que el rey don Alfonso VIII confirma a la diócesis de Burgos la posesión de los bienes que su tía doña Sancha había donado a la Iglesia, incluida la Villa de CARDEÑADIJO con todos sus derechos. Esto supone también la jurisdicción lo que habría supuesto el fin de la independencia del concejo.
Si tal cosa no sucedió entonces, ocurrió poco después. En 1187, el mismo rey don Alfonso y su esposa doña Leonor fundan el gran monasterio de Huelgas y el Hospital de Peregrinos, llamado del Rey. Ambas Instituciones, dotadas con real magnificencia se unían en el Baculo de la insigne abadesa a la que el Papa y el rey transpasaron amplios poderes canónicos, económicos y jurisdiccionales. No sabemos exactamente en qué fecha, el hecho es que CARDEÑADIJO fue entregado con todos sus derechos al Hospital del Rey. Así lo leemos en el Libro de las Behetrías: CARDEÑADIJO: Es del Hospital del Rey. La abadesa era, pues, señora del pueblo, confirmaba autoridades, hacia justicia y cobraba los derechos pertinentes, sobre todo la infurción (impuesto de solares). Los vecinos pagaban a la real Hacienda la fonsadera y moneda, más servicios (si ocurrían). A la abadesa, para el Hospital, 180 maravedises anuales y por infurción, los casados 24 dineros y los solteros y las viudas 12 dineros. Doce dineros era un maravedí y un maravedí equivalía a una gallina.
Así CARDEÑADIJO, sin estar en el Camino de Santiago, se convirtió en Pueblo Jacobeo. Una parte del esfuerzo y sudor de sus vecinos se aplicaba por caridad y beneficiencia a unos hombres desconocidos, pero creyentes, que cumplían las difíciles jornadas de un camino que es el mejor símbolo de la unidad de Europa. No fue una desgracia para CARDEÑADIJO el vivir hasta el siglo XIX bajo la autoridad de la mano blanca de la madre abadesa de las Relaes Huelgas de Burgos. Los sucesivos reyes de Castilla y luego de España confirmaron esta situación que, en el transcurso de los siglos sufrió algunas modificaciones. Así, en 1538, sabemos que los 180 maravedises de martiniega eran 376, que seguían pagando la infurción, más 11 gallinas y que cada vecino debía trabajar un día al año en las fincas del hospital...Advirtamos que en 1538 un obrero albañil ganaba al día 70 maravedises... En el actual término municipal no estuvo solo CARDEÑADIJO. Es conveniente saber que, al pago de Pedernales, junto a la fuente de Caño Alonso, nació una Villa, llamada PEDERNALES, a 2000 ms. a S.E. Sus habitantes y tierras se integraron en CARDEÑADIJO en tiempo indeterminado.
En 1843, CARDEÑADIJO cuenta 250 habitantes y es ayuntamiento constitucional. Está integrado en el partido judicial de Burgos; antes había pertenecido a la cuadrilla de Arcos que reunía 12 localidades y en el siglo XIV, por ejemplo, sumaba 417 vecinos. Los 250 vecinos de 1843 mantenían una escuela de 29 niños/niñas y pagaban al sacrificado maestro 530 reales anuales. San Martín era el titular de su parroquia y tenía una ermita de la Vera Cruz. Recogían cereales que molían en dos molinos; cuidaban su ganado en un término de 920 Has. y se distraían con caza menor. En 1900 los habitantes se habían doblado.
